Nos bactéries intestinales fichées

Nous y pensons assez peu, mais nous ne sommes pas tout à fait seuls dans notre organisme : nous sommes en fait colonisés par d'innombrables bactéries. Des chercheurs viennent d'établir un "génome" de celles qui peuplent notre tube digestif. Un "catalogue bactérien" qui ouvre de grandes perspectives thérapeutiques.

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Nos bactéries intestinales fichées
Nos bactéries intestinales fichées

S'il est un organe particulièrement apprécié des bactéries, c'est bien notre tube digestif, qui en compte des milliards.

A tel point que les chercheurs considèrent le "microbiote intestinal" - cet ensemble de bactéries - comme un organe à part entière. Il pèse d'ailleurs deux kilogrammes, ce qui en fait un "organe" plus lourd que le cerveau.

Nous savons que les bactéries intestinales ne sont pas des envahisseurs malveillants. Elles nous voudraient même au contraire plutôt du bien : elles jouent en rôle dans la synthèse de vitamines, la dégradation de certains composés, et dans les fonctions immunitaires. Les scientifiques savent également que le microbiote intestinal peut être perturbé dans certaines maladies, comme les maladies inflammatoires chroniques intestinales ou encore l'obésité.

Mais, impossible à palper ou scanner, cet "organe" demeure mal connu.

Mieux comprendre cet "écosystème" intestinal

Pour mieux le connaître, quatorze organismes de recherche et industriels de huit pays, dont la France, se sont impliqués dans le projet MetaHIT (METAgenomics of the Human Intestinal Tract), dans le cadre du septième programme de recherche et de développement européen, coordonné par l'Institut National de Recherche Agronomique (INRA).

Le but ? Tenter d'identifier des liens entre la flore intestinale et certaines maladies, mais aussi caractériser les relations entre l'hôte et les bactéries.

Le consortium se clôturera le 21 mars 2012, après 4 ans de recherche.

Un inventaire de nos bactéries

Réussite de ce projet : les chercheurs de ce projet sont à l'origine d'une avancée majeure dans la connaissance de notre organisme. Ils ont réussi à explorer cette flore digestive, grâce à la mise au point d'un "scanner moléculaire".

En couplant une méthode de séquençage d'ADN à très haut débit à une analyse bio-informatique, ils ont ainsi constitué un catalogue de la quasi-totalité des gènes des bactéries hébergées par le tube digestif humain. Ce catalogue a été réalisé en étudiant 124 individus de différentes populations, méditerranéenne et nordique. Le "métagénome" obtenu compte 3,3 millions de gênes, soit 150 fois plus que le génome humain. Et ce ne serait que le début : les chercheurs travaillent à étoffer encore ce catalogue…

Dis-moi quelles bactéries tu portes, je te dirais qui tu es…

Cette exploration a également permis d'identifier trois groupes distincts dans la population mondiale. Des groupes appelés entérotypes, qui se distinguent par l'espèce de bactérie prédominante présente dans le tube digestif. Nous serions en sommes tous pareils…mais avec un "profil de colonisation" variable.

Les entérotypes ne semblent pas être associés à la provenance géographique, la nourriture, la variabilité génétique, l’âge ou au le sexe des individus. Il s'agirait donc d'une caractéristique fondamentale.

…Et quelle(s) maladie(s) te guette(nt) ?

Grâce à ces avancées, les scientifiques commencent à identifier les associations entre les bactéries présentes dans l'intestin et certaines pathologies, comme la maladie de Crohn et l'obésité. Seulement, ils ne savent pas encore si ce sont les bactéries qui causent la maladie ou si c'est la maladie qui favorise leur présence…

Mais le potentiel des recherches semble très important et soulève de nouvelles questions: en quoi apporteront-elles des éclairages quant aux effets de notre alimentation sur notre santé ? Pourra-t-on prévenir et soigner les maladies liées à l’état de la flore intestinale? Sera-t-il possible d’adapter la prévention et la médecine à chaque individu, de façon personnalisée ?

Par exemple, ces nouvelles connaissances pourraient faire évoluer la façon de donner des traitements médicamenteux, auxquels nous ne réagissons pas tous exactement de la même manière. La classification en entérotypes devrait donc aider à développer des traitements "à la carte" et ajustables en fonction de l'entérotypes. Pour des maladies plus difficiles à caractériser que l’obésité, il existe également, d'après les chercheurs des perspectives intéressantes. Recherches en cours….

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