Covid-19 : pourquoi le variant Omicron est plus long à détecter ?

Le nouveau variant Omicron continue de se propager et il donne du fil à retordre aux chercheurs. En cause, ses nombreuses mutations qui inquiètent les scientifiques.

Dr Anne Sikorav
Dr Anne Sikorav
Rédigé le , mis à jour le
Image d'illustration.
Image d'illustration.  —  Crédits Photo : © Shutterstock / Lightspring

Nouveau variant et dangerosité inconnue

Pourquoi Omicron inquiète ? D'abord, parce que le variant sud-africain présente de nombreux remaniements d’une des protéines du virus appelée "Spike", qui facilite l’infection de nos cellules par le virus. Ce sont justement ces mutations qui posent problème à la communauté scientifique.  

« Les connaissances sur ce variant sont à ce stade encore incomplètes et des travaux sont en cours pour les approfondir »  Santé Publique France.

Omicron présente aussi des mutations jusqu'ici peu détectées, et certaines pourraient avoir une conséquence l’efficacité de la réponse immunitaire face au virus, en altérant la quantité des anticorps de l’organisme. Tous les effets potentiels de chacune de ces mutations sont entrain d’être analysées.  

Un variant plus long à détecter

A ce stade, il n’existe cependant pas de test de criblage spécifique pour le nouveau variant sud africain  Alors, comment Omicron est-il détecté ?  

Le variant Omicron est suspecté lorsque les mutations spécifiques du test de criblage actuel ne sont pas retrouvées. Pour confirmer si Omicron est présent ou pas, le prélèvement doit être analysé de manière complète, on appelle cela un "séquençage complet du génome viral". 
Le test de séquence complet est bien plus long et peut prendre parfois jusqu'a "quelques jours"… alors qu’avec un test de criblage les résultats sont donnés en quelques heures.  

Test de criblage de "manière prioritaire". C'est la recommandation du ministère de la Santé, pour toutes les personnes de retour des pays à risques, ainsi que leurs contacts. Actuellement, 7 pays sont considérés à risques : l'Afrique du Sud, le Botswana, l'Eswatini, le Lesotho, le Mozambique, la Namibie et le Zimbabwe. Et "la liste est susceptible d’évoluer dans les jours à venir"  alerte l’autorité sanitaire dans son dernier communiqué.  

Test de criblage du COVID : c’est quoi ?

Un dépistage du COVID se fait en deux temps. Le patient réalise d’abord un test PCR (nasopharyngé ou salivaire). Le prélèvement est analysé afin de déterminer s'il est positif au COVID ou pas. Si la PCR est positive, l’échantillon est systématiquement examiné une seconde fois avec un examen de "criblage", à l’aide de kits spécifiques.  Objectif : identifier la présence de mutations qui correspondent à un variant préoccupant, c’est ce qu’on appelle  la  "RT-PCR de criblage". 

La stratégie de criblage repose sur une recherche des « mutations d’intérêt » afin de repérer de manière "plus précise" et "plus réactive" la propagation des souches préoccupantes de Covid-19. Sibylle Bernard-Stoecklin, membre du Haut conseil de santé publique, à l’Express.  

Covid : où en est-on dans les traitements ?  —  Magazine de la santé

"Probablement une question d'heures"

Huit « cas possibles de contamination » au  variant Omicron ont déjà été détectés en France, a annoncé dimanche soir le ministère de la Santé. Positives au COVID, les huit personnes concernées ont « un criblage négatif pour les mutations retrouvées dans les autres variants » (Alpha, Bêta, Gamma et Delta).  Pour détecter la présence d'Omicron en France, en plus du criblage  "nous réalisons entre 6.000 et 12.000 séquençages par semaine", a assuré Olivier Véran.  

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