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Résistance inattendue aux antibiotiques dans un groupe amérindien isolé

Des prélèvements biologiques, réalisés sur des Amérindiens n’entretenant aucun contact direct avec le monde occidental, ont révélé la présence de bactéries potentiellement résistantes aux antibiotiques modernes.

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Résistance inattendue aux antibiotiques dans un groupe amérindien isolé
Mère yanomami et son enfant, à Homoxi au Brésil (image d'illustration) - cc-by-sa Cmacauley

En 2009, des chercheurs nord-américains sont entrés en contact avec des membres d’un village yanomami, dans une partie reculée des montagnes amazoniennes, sur le territoire du Venezuela(1). Nul contact direct entre ces Amérindiens et le monde urbain n’avait encore été recensé.

En 2011, l'analyse de bactéries emprisonnées dans la glace depuis 30.000 ans avaient révélé la présence de gènes conférant une résistances à des antibiotiques modernes.

La découverte du premier antibiotique, la pénicilline, date de 1929. Les premières bactéries résistantes aux antibiotiques sont identifiées dès les années 1940.

Localisation du peuple Yanomami (moins de 36.000 membres) en Amérique du Sud. cc-by-sa Javierfv1212

Ces hommes et femmes présentaient ainsi la caractéristique rare d’avoir été peu ou pas exposés à l’alimentation occidentale (et a fortiori aux traitements médicaux modernes).

"Il s'agissait d’une occasion unique de comprendre un microbiome humain [ensemble des bactéries cohabitant à la surface et à l'intérieur de l’organisme, NDLR] peu exposé à des pratiques modernes susceptibles d’exercer des effets antimicrobiens importants, avec des conséquences durables dans l'hôte", expliquent les chercheurs. Ils ont ainsi prélevé des échantillons de bactéries sur la peau, dans la bouche et dans les selles de plusieurs habitants du village.

Selon les premiers résultats publiés mi-avril dans la revue Science Advances, la diversité bactérienne mesurée au niveau de la peau et des selles "présente un niveau plus élevé [que celle observée auprès de] toute autre population humaine jusqu’alors".

Un fait a tout particulièrement surpris les biologistes : l’ADN des bactéries intestinales isolées chez ces Yanomamis présentaient une soixantaine de gènes susceptibles d’empêcher l’action des antibiotiques d’origine naturelle, six gènes possédant des résistances à des antibiotiques synthétiques.

Il pourrait s’agir d’un simple hasard : les mutations aléatoires de leur génome, qui peuvent survenir à chaque division cellulaire, peuvent conférer aux bactéries des caractéristiques qui ne s’avèreront "utiles" qu’à l’usage - ici, une certaine résistance aux antibiotiques de la pharmacopée occidentale(2).

Toutefois, la présence de ces gènes dans de nombreuses bactéries pourrait signifier que des contraintes environnementales(3) ont pu favoriser leur multiplication sélective. Les Yanomamis auraient pu être été exposés à des toxines naturelles possédant des propriétés chimiques analogues à certains de nos antibiotiques.

Quoi qu’il en soit, la découverte "d’un réservoir de gènes de résistance mobilisables contre de nouvelles générations d’antibiotiques, dans un microbiome jamais exposé aux antibiotiques" intrigue et inquiète les chercheurs. "Cela pourrait expliquer la rapidité avec laquelle une résistance clinique survient contre chaque nouvel antibiotique peu après son introduction", commentent-ils. Les stratégies bactéricides récemment identifiées par l’homme s’avéreraient inefficaces car ses cibles peuvent monopoliser des défenses latentes, sélectionnées il y a des millénaires (voire encadré) suite à des expositions à des substances naturelles indéterminées.

Source : The microbiome of uncontacted Amerindians. G. Dominguez-Bello et coll. Science Advances, 17 avril 2015. doi:10.1126/sciadv.1500183

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(1) Le village a été identifié par un hélicoptère de l’armée vénézuélienne en 2008. La microbiologiste Maria Dominguez-Bello, de l’Université de New York, a obtenu des autorités le droit d’entrer en contact avec les habitants.

(2) La plupart des bactéries se reproduisent à très grande vitesse. Au fil des divisons cellulaires, des mutations génétiques aléatoires surviennent. Certaines de ces transformations sont délétères pour la bactérie, d'autre anodines, d'autres pouvant par hasard conférer une capacité à résister à certaines agressions chimiques. En temps normal, les bactéries porteuses de ce dernier type de mutation restent minoritaires dans la colonie. Dès lors qu'un agent antibiotique vient décimer toutes les bactéries, excepté celles porteuses des mutations "de résistance", ce sont ces cellules survivantes qui se multiplieront en grand nombre. L'agent antibiotique a entraîné la sélection d'une lignée qui lui résiste - d'où l'expression "pression de sélection". A noter que d'autres phénomènes peuvent participer à l'acquisition des résistances des bactéries.

(3) En l’attente d’analyses génétiques complémentaires, les chercheurs n’excluent pas totalement que des bactéries porteuses de gènes de résistance aux antibiotiques, issues des groupes exposés aux antibiotiques, aient atteint le village amérindien isolé "par une chaîne de contacts humains ou le commerce d’objets". Les chercheurs notent que, suite à cette étude, des antibiotiques "ont été introduits auprès de cette population" (sans préciser cette introduction est passive ou intentionnelle).

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